در این موضوع نیز باید راه اختصار را پیش بگیریم چون مشروح آن در یك سخنرانی و یك مقاله و ده و صد مقاله و سخنرانی هم امكان ندارد. اخیراً یكی از دانشمندان به نام استاد اسد حیدر كتابی پیرامون شخصیت امام جعفر صادق(علیه‌السلام) و علوم و فضایل آن حضرت نوشته است كه تا جلد پنجم آن به نظر حقیر رسیده است، هم چنین دانشمندان دیگر مانند استاد ابوزهره استاد جامع الازهر در این موضوع، كتاب‌ها نوشته‌اند و در هزارها كتاب و مصادر و مآخذ اسلامی به مقامات بلند علمی، و آرای آن حضرت در رشته‌های مختلف علوم به‌طور تفصیل یا اجمال اشاره شده است.
امام جعفر صادق(علیه‌السلام) مدرسه‌ای افتتاح فرمود كه تا آن عصر در اسلام بی‌سابقه بود، و پس از آن عصر نیز نظیر آن دیده نشد.
شاگردان آن حضرت، رشته‌های مختلف علم، مانند كلام، مناظره، الهیات، فقه، تفسیر، حدیث، ادب، علوم طبیعی، شیمی، منافع‌الاعضا و رشته‌های دیگر را از مكتب آن حضرت فرا می‌گرفتند. و این مكتب آن حضرت بود كه بزرگ‌ترین علمای علوم قرآن و فقه و كلام و شیمی و غیره را به دنیا تحویل داد و افرادی مانند محمد بن مسلم، زراره، هشام، ابان بن تغلب، ابوحنیفه، مالك بن انس هم از شاگردان آن حضرت بودند. ابن‌عقده كه از مشاهیر علمای اسلام است و در علم رجال، متبحر است چهار هزار نفر از شاگردان حضرت امامصادق(علیه‌السلام) را به نام در یك كتاب جمع‌آوری كرده، و از هركدام در یك موضوع علمی و اسلامی از آن حضرت كلام و حدیثی نقل كرده است. وقتی در مسجد كوفه احصاء شد چهارصد نفر از آن حضرت نقل علم و حدیث می‌كردند. كتاب توحید مفضل، و رساله اهلیلجه، و مباحثات آن حضرت با رؤسا و سران زنادقه و ملاحده، و مادییّن همه موجود است و اطلاع و علم وسیع آن حضرت را از طب و تشریح و خواص اشیاء ثابت می‌كند.
فقه شیعه كه متضمن هزارها مادّه قانونی و تعلیمی، و برنامه عملی و اخلاقی اسلام است در بیشتر و بلكه تقریباً در تمام موارد مدیون علوم بی‌پایان امامصادق(علیه‌السلام) است.
در مثل احكام حج كه یكی از بزرگ‌ترین فرائض اسلام و متضمّن فلسفه‌های عالی و باارج است دنیای اسلام از دریای علوم امامصادق(علیه‌السلام) مستفیض است و به قول ابوحنیفه همه عائله امام جعفر صادق‌اند،[1] و حدیثی در صحیح مسلم از كتب اهل‌سنّت از آن حضرت روایت شده است كه مأخذ حدود چهارصد مادّه راجع به احكام حجّ است[2] كه اهل‌سنّت از آن پیروی می‌نمایند.
برای هركس تاریخ را مطالعه كند قطع حاصل می‌شود كه امامصادق(علیه‌السلام) از علوم غیب آگاه بوده است؛ حتی ابن‌خلدون كه از فلاسفه مشهور و علمای علم‌الاجتماع است بااینكه به‌واسطه دوری منطقه و وضع سیاسی محیط از علوم و فضایل اهل‌بیت(علیهم‌السلام) اطّلاع كافی نداشته است در فصلی كه در كتاب خود راجع به امكان اطلاع بشر بر علم غیب بحث می‌كند از امامصادق(علیه‌السلام) نام می‌برد و می‌گوید (قریب به این مضمون): عجیب نیست شخصی مثل جعفر بن محمد با آن مقام و منزلت و صفای باطن از علم غیب با اطلاع باشد.[3]
منصور خلیفه عباسی بااینكه وجود امام جعفر صادق(علیه‌السلام) را منافی با مقاصد سیاسی خود می‌دانست و از توسعه مكتب آن حضرت
جلوگیری می‌كرد، بنا به نقل یعقوبی موّرخ،[4] آن حضرت را عالم اهل بیت و از وارثان علم كتاب و برگزیدگان خدا و كسانی كه خدا در این آیه یاد كرده است می‌دانست:
نكته‌ای كه در اینجا تذكرش لازم است این است كه علت اینكه حضرت امامصادق(علیه‌السلام) در بین ائمه(علیهم‌السلام) در این حدّ موفق به نشر علوم اسلام و معارف قرآن گردید كه حتی به این مناسبت مذهب شیعه كه همان اسلام خالص است به نام آن حضرت معروف و جعفری نامیده شد این بود كه اوضاع و احوال سیاسی زمان آن حضرت این فرصت را به ایشان داد؛ زیرا عصر آن حضرت، عصر ضعف بنی‌امیه و قیام مردم علیه حكومت آنها بود و حكومت بنی‌عباس هم اگرچه تأسیس شد اما در آغاز كار، قدرت اِعمال سیاست روی مدارس و مجالس علمی و معارف اسلامی نداشت، و برای عشاق علمی و دانش‌پژوهان آزادی، فرصتی پیدا شد كه بتوانند عمیقانه علوم اسلام را بررسی و مطالعه كنند؛ از این جهت از اطراف و اكناف برای كسب علم از حضرت امامصادق(علیه‌السلام) به آن حضرت روی آوردند و حضرت در این
فرصت توانستند معارف اسلام و حقایقی را كه تا آن زمان مخفی مانده بود آشکار و در اختیار مردم بگذارند.
مع‌ذلك از سایر ائمه(علیهم‌السلام) نیز علوم بسیار و احادیث باقی‌مانده است و مثل نهج‌البلاغه و صحیفه سجادیه از ممتازترین ثروت‌های علمی اسلامی به‌شمار می‌رود.