آيت‌الله العظمي صافي، در نوجواني قدم به وادي علم و معنويت ـ حوزه ـ نهاد و ميهمان صفاي حلقههاي صميمي
درس و بحث و مَحرَم شور وصفناپذير مناجات نيمه‌شب پاك‌باختگان حوزه شد. ابتدا در گلپايگان، كتب پايه ادبيات عرب را نزد عالم جليل‌القدر، مرحوم آخوند ملا ابوالقاسم مشهور به «قطب» آغاز كرد و ادامه مباحث ادبيات، كلام، تفسير، حديث، فقه و اصول را تا پايان سطح در همانجا پي گرفت و در اين مدّت حجم وسيع كتب مهم رشتههاي مذكور را نزد پدر بزرگوارش، حضرت آيت‌الله آخوند ملا محمّدجواد صافي آموخت. در سال 1360 هجری قمری، گلپايگان را با دنيايي از خاطرههاي شيرين دوران كودكي و نوجواني و لذّت حضور در كنار پدر و مادري مهربان و دلسوز، كه اكنون از حسرت فراق او پريشان بودند، ترك كرد و رنج مشكلات هجرت به قم را پذيرا شد، تا با حضور در مجلس درس و بحث اساتيد بزرگ حوزه علميه قم به تكميل تحصيلات و تحقيقات خود بپردازد.
ايشان چند سال بعد به نجف اشرف مشرّف شد و در آنجا نيز از محضر مراجع عاليقدر آن حوزه، براي يك سال بهرهمند گشت.
هوش و استعداد فوقالعادّه و تلاش و جديّت در امر تحصيل او را مورد علاقه خاص اساتيد بزرگ قم و نجف قرار داد. حضرت آيت‌الله العظمي صافي پس از آن مجدداً به قم بازگشتند و بيش از پانزده سال حلقهنشين مجلس
درس و بحث و اخلاق و عرفان مرجع پرافتخار شيعه، حضرت آيت‌الله العظمي بروجردي(قدس‌سره) و نيز يكي از مشاورين ويژه و برجسته و از اصحاب خاص استفتاء آن بزرگوار گشت و آن مرحوم، نظر به توانايي والاي علمي آيت‌الله العظمي صافي، پاسخگويي به سؤالات مهم و حسّاسي از فقه و كلام شيعي و نيز نگارش كتاب ارزشمندي درباره مهدويّت را كه «منتخبالاثر» نام گرفت، به ايشان واگذار كردند.
از اساتيد مهم آن بزرگوار در قم، مراجع تقليد، آيات عظام: سيد محمّدتقي خوانساري، حجّت، صدر، بروجردي و در نجف، آيات عظام: شيخ محمّدكاظم شيرازي، سيد جمالالدين گلپايگاني و شيخ محمّدعلي كاظمي را ميتوان نام برد.