آیت‌الله العظمی صافی، در نوجوانی قدم به وادی علم و معنویت ـ حوزه ـ نهاد و میهمان صفای حلقههای صمیمی
درس و بحث و مَحرَم شور وصفناپذیر مناجات نیمه‌شب پاك‌باختگان حوزه شد. ابتدا در گلپایگان، كتب پایه ادبیات عرب را نزد عالم جلیل‌القدر، مرحوم آخوند ملا ابوالقاسم مشهور به «قطب» آغاز كرد و ادامه مباحث ادبیات، كلام، تفسیر، حدیث، فقه و اصول را تا پایان سطح در همانجا پی گرفت و در این مدّت حجم وسیع كتب مهم رشتههای مذكور را نزد پدر بزرگوارش، حضرت آیت‌الله آخوند ملا محمّدجواد صافی آموخت. در سال 1360 هجری قمری، گلپایگان را با دنیایی از خاطرههای شیرین دوران كودكی و نوجوانی و لذّت حضور در كنار پدر و مادری مهربان و دلسوز، كه اكنون از حسرت فراق او پریشان بودند، ترك كرد و رنج مشكلات هجرت به قم را پذیرا شد، تا با حضور در مجلس درس و بحث اساتید بزرگ حوزه علمیه قم به تكمیل تحصیلات و تحقیقات خود بپردازد.
ایشان چند سال بعد به نجف اشرف مشرّف شد و در آنجا نیز از محضر مراجع عالیقدر آن حوزه، برای یك سال بهرهمند گشت.
هوش و استعداد فوقالعادّه و تلاش و جدیّت در امر تحصیل او را مورد علاقه خاص اساتید بزرگ قم و نجف قرار داد. حضرت آیت‌الله العظمی صافی پس از آن مجدداً به قم بازگشتند و بیش از پانزده سال حلقهنشین مجلس
درس و بحث و اخلاق و عرفان مرجع پرافتخار شیعه، حضرت آیت‌الله العظمی بروجردی(قدس‌سره) و نیز یكی از مشاورین ویژه و برجسته و از اصحاب خاص استفتاء آن بزرگوار گشت و آن مرحوم، نظر به توانایی والای علمی آیت‌الله العظمی صافی، پاسخگویی به سؤالات مهم و حسّاسی از فقه و كلام شیعی و نیز نگارش كتاب ارزشمندی درباره مهدویّت را كه «منتخبالاثر» نام گرفت، به ایشان واگذار كردند.
از اساتید مهم آن بزرگوار در قم، مراجع تقلید، آیات عظام: سید محمّدتقی خوانساری، حجّت، صدر، بروجردی و در نجف، آیات عظام: شیخ محمّدكاظم شیرازی، سید جمالالدین گلپایگانی و شیخ محمّدعلی كاظمی را میتوان نام برد.